Năm 1994, nhà phát hành Atari Games đang rất cần một cú hích, đã trải qua nhiều năm không có một trò chơi có lợi nhuận nào và mất hầu hết các nhà phát triển tài năng nhất của họ cho nhà phát hành đối thủ Electronic Arts. Do đó, họ đã chỉ đạo Ed Logg tạo ra một tựa game bắn súng nhẹ, đây là một trong những thể loại game phổ biến nhất trong các trò chơi arcade thời đó.[6] Tuy nhiên, Logg cũng rời khỏi để tham gia Electronic Arts trong lúc tựa game, Bounty Hunter, vẫn còn dang dở.[6] Tại thời điểm này, các giám đốc điều hành tại Atari Games cảm thấy sẽ an toàn hơn khi giao phó sự phát triển cho một nhóm bên ngoài, và tiếp cận người đứng đầu Mesa Logic là Robert Weatherby về nhóm của mình (Hector Silva, James Mestemaker, Guy Fumagali và James Web) tiếp quản Bounty Hunter. Sau khi chơi Bounty Hunter và thấy nó vô cùng hấp dẫn, Weatherby đã yêu cầu một vài tháng để đưa ra và phát triển một sân chơi cho khái niệm game bắn súng của riêng mình, mà Atari đành phải đồng ý.[7]

Weatherby đã nhận được nguồn cảm hứng cho khái niệm Area 51 từ một bài báo trong Popular Science mang tên "Tìm kiếm bí mật của Hồ Groom".[7]

Ban đầu, dữ liệu từ trò chơi được truyền từ máy nghe nhạc CD bằng Cinepak để nén, nhưng vì điều này chỉ có thể tạo ra màn hình hiển thị bằng chữ, nên lập trình viên chính Charlie Grisafi đã chọn thay vì chạy game trên COJAG (một Atari Jaguar đã sửa đổi được sử dụng trong các game arcade) giao tiếp với ổ đĩa cứng và sử dụng phần mềm nén tùy chỉnh của Grisafi.[7] Grisafi nhớ lại:

Số lượng kết xuất cần thiết là một trở ngại rất lớn. Ban đầu nó được thực hiện bởi nhóm của Robert [Weatherby] ở Texas nhưng khi thời gian trôi qua, mã lực thô cần thiết để làm tất cả đã trở nên nhiều hơn họ có. Tôi nhận ra rằng các máy trạm Silicon Graphics của tất cả các nhóm khác nhau tại Atari ở California có thể là một nguồn lực lớn để thực hiện điều này. Atari đã giúp chúng tôi phối hợp tiếp cận tất cả các hệ thống trong tòa nhà sau nhiều giờ khi các nhóm khác không sử dụng hệ thống của họ, vì vậy mỗi đêm chúng tôi sẽ tiếp quản và biến tất cả các hệ thống SGI tại Atari thành một trang trại kết xuất lớn.[7]

Trò chơi sử dụng video được số hóa đem lưu trữ trên đĩa cứng trên bo mạch và gibs để mọi đối thủ đều bị bùng cháy khi bắn, theo cách chính xác như vậy. Trong khi quân địch, người vô tội và vụ nổ là các họa tiết video được số hóa 2D, các màn chơi và phương tiện được kết xuất lại dưới dạng 3D.

Trong khi các thành viên STAAR được kết xuất bằng ghi hình chuyển động, kẻ thù các loại được tạo ra bằng hoạt hình tĩnh vật của Sneaky Pete Kleinow.[7][8]